TRiCit:一种高通量方法,通过ITS1片测序来检测Trichomonas vaginalis
Mykhaylo Usyk1,2, Nicolas F Schlecht3,4, Shankar Viswanathan4
1Department of Pediatrics (Genetic Medicine), Albert Einstein College of Medicine, Bronx, NY 10461, USA.
International journal of molecular sciences
|July 29, 2023
概括
使用内部转录间隔区域-1 (ITS1) 片序列的新生物信息学方法可以准确检测Trichomonas vaginalis (TV) 感染. 这种高通量方法为大规模流行病学研究提供了精确有效的替代方案.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 由Trichomonas vaginalis (TV) 引起的三菌是全球普遍存在的非病毒性性传播疾病,每年影响超过1.74亿人.
- 目前的电视检测方法可能是缓慢的,主观的,昂贵的,对大型队列研究构成挑战.
- 相关的生殖共同疾病突出了对高效和准确的诊断工具的需求.
研究的目的:
- 评估内部转录间隔区域-1 (ITS1) 片序列测序用于检测流行电视感染的有效性.
- 为了比较ITS1安普利康测序的精度与传统的临床显微镜和TV特定的PCR.
- 调查电视感染与其他常见的生殖尿路疾病之间的关联.
主要方法:
- 一项涉及36名电视观看妇女和36名在西奈山青少年健康中心的对照者的病例对照研究.
- 从宫和阴道样本中分离DNA,然后进行ITS1片放大.
- 将ITS1测序结果与湿装显微镜和TVK3/7基因PCR确认进行比较.
主要成果:
- ITS1安普利康测序显示了TV的高诊断准确性,AUC为0.92.
- ITS1测序与TVK3/7 PCR (ICC = 0.96) 的测序结果非常一致.
- 电视病例显示细菌性阴道炎的风险明显增加 (OR = 8.67,p = 0.0011).
结论:
- 生物信息学分析ITS1amplicon下一代测序是一种精确的方法来检测流行的电视感染.
- 这种高通量方法可以使用大型流行病学研究中存储的DNA进行高效的电视测试.
- 这些发现强调了STI诊断和流行病学监测中分子方法的有用性.


