MESSES:软件用于将混乱的研究数据集转化为清洁的提交到Metabololomics工作台,以便公开共享
P Travis Thompson1, Hunter N B Moseley1,2,3,4,5
1Superfund Research Center, University of Kentucky, Lexington, KY 40536, USA.
Metabolites
|July 29, 2023
概括
研究人员开发了MESSES软件,以简化将实验电子表格数据转换为MetaBolomics Workbench存储库所需的格式,帮助开放科学和数据共享.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 数据科学数据科学数据科学
背景情况:
- 在学术研究中,FAIR指导原则和开放科学越来越重要.
- 在线存储库中共享研究数据至关重要,但数据转换的挑战往往阻碍了这一点.
- 对于像Metabolomics Workbench这样的存储库,手动数据策划可能是耗时且容易出现错误的.
研究的目的:
- 开发一个软件包,使实验数据的转换自动化为适合 Metabolomics Workbench 的格式.
- 促进将代谢学数据集存储到公共存储库中,从而促进开放科学.
主要方法:
- 使用Python 3开发了MESSES (从实验式电子表格中提取元数据系统) 软件包.
- MESSES提供了三个命令:提取,验证和转换,以简化数据转换工作流.
- 该软件支持Linux,Windows和Mac操作系统,并可在GitHub和PyPI上使用.
主要成果:
- MESSES有效地将来自各种来源的表格数据转换为 Metabolomics 工作台特定的沉积格式.
- 与手动方法相比,该软件可以捕获更丰富的元数据.
- 自动化数据转换减少了研究人员的负担,促进了数据共享.
结论:
- MESSES简化了准备代谢学数据以存储在在线存储库中的过程.
- 该软件通过使数据共享更容易获得,支持开放科学原则.
- MESSES通过自动提取,验证和转换来提高数据质量和一致性.
