对人类和小鼠肺的单细胞参考指导构建
Minzhe Guo1,2, Michael P Morley3,4,5, Cheng Jiang6
1The Perinatal Institute and Section of Neonatology, Perinatal and Pulmonary Biology, Cincinnati Children's Hospital Medical Center, 3333 Burnet Avenue, Cincinnati, OH, 45229, USA. minzhe.guo@cchmc.org.
Nature communications
|July 29, 2023
概括
研究人员使用肺转录组数据创建了一个LungMAP单细胞参考 (CellRef). 这个资源准确地注释了人类和小鼠的肺细胞类型,有助于单细胞分析和数据共享.
科学领域:
- 单细胞基因组学 单细胞基因组学
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 肺部生物学 肺部生物学
背景情况:
- 准确的细胞类型识别对于单细胞数据分析至关重要,但缺乏标准化参考.
- 现有的单细胞参考文献往往缺乏全面的细胞类型,功能验证和通用命名法.
- 自动化的细胞类型注释,数据集成和共享需要强大的,经过验证的细胞地图.
研究的目的:
- 为正常的人类和小鼠肺部构建一个统一的单细胞参考.
- 为自动化细胞类型注释和数据集成提供一个验证的资源.
- 为研究肺部生物学的研究人员开发可访问的工具.
主要方法:
- 开发了一个使用LungMAP CellCards作为参考词典的计算管道.
- 来自104个人类和17个小鼠肺样本的综合转录基因数据.
- 从各种解剖位置和发育阶段定义和目录不同的肺细胞类型.
主要成果:
- 构建了LungMAP单细胞参考 (CellRef),定义了48种人类和40种小鼠肺细胞类型.
- 使用独立数据集和多种注释方法证明了CellRefs的准确性和稳定性.
- 验证了CellRefs在正常和患病肺样本中的自动细胞类型注释的实用性.
结论:
- LungMAP CellRefs为人类和小鼠肺细胞类型注释提供了一个经过验证的,全面的资源.
- 开发的CellRefs有助于自动化分析,数据整合和共享肺单细胞研究.
- 用户友好的网页界面提高了研究界对LungMAP CellRefs的可访问性和利用性.
