新型下一代测序面板方法用于农业废水中食品传播病原体的多重检测和识别
Dong-Geun Park1,2,3,4, Joon-Gi Kwon1,2,3,4, Eun-Su Ha5
1Department of Food and Animal Biotechnology, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
Frontiers in microbiology
|July 31, 2023
概括
这项研究开发了一个下一代测序 (NGS) 面板,用于检测食物传播病原体. NGS面板显示了病原体识别的潜力,但需要优化以提高低度的灵敏度.
科学领域:
- 食品安全与微生物学
- 分子诊断学 分子诊断
- 基因组监测 基因组监测
背景情况:
- 检测食物传播病原体爆发是具有挑战性的.
- 下一代测序 (NGS) 提供了高效的多病原体查.
- 向致病因子基因有助于病原体的识别.
研究的目的:
- 开发和优化新的NGS面板原料集,用于六种主要的食源性病原体.
- 验证原料集的特异性,选择性和多重复合能力.
- 评估NGS小组在加样本中检测多种食源性病原体的性能.
主要方法:
- 设计和验证了针对六种病原体的18个毒性因子基因的原料套件.
- 进行单复数,交叉检查和多复数PCR进行验证.
- 使用NGS面板和定量实时PCR (qPCR) 分析了尖端水样.
- 进行了NGS和qPCR结果之间的比较统计和相关性分析.
主要成果:
- 该NGS小组成功地检测出所有18个向基因在各种病原体度 (10^8到10^5 CFU) 的单一反应中.
- 序列读数与病原体度正相关,但灵敏度仅限于10^5 CFU,显示错误阳性.
- NGS小组的结果与qPCR验证有很高的一致性,效率和特异性相似.
- 斯皮尔曼相关证实了NGS读数和qPCR Ct值之间的负相关性.
结论:
- 开发的NGS面板是一个有前途的工具,可以同时检测多种食源性病原体.
- 优化原料集和测序技术对于提高NGS面板的灵敏度和准确性至关重要.
- 这种方法在改善食品安全监督和疫情调查方面具有重大潜力.
