使用诱捕获的有针对性的元基因组学来检测零售肉类和海鲜中的抗生素耐药基因
Annika Flint1, Ashley Cooper2, Mary Rao1
1Bureau of Microbial Hazards, Health Canada, Sir Frederick Banting Driveway, Ottawa, ON, Canada.
Frontiers in microbiology
|July 31, 2023
概括
诱捕获元基因组学有效地检测食品中的低丰度抗菌素耐药性 (AMR) 基因. 这种方法需要较少的测序读取,并识别出更多的AMR和等离子体基因,而不是猎枪测序.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 食品科学 食品科学 食品科学
背景情况:
- 甲基因组学提供了对食品微生物群抗菌素耐药性 (AMR) 基因的洞察.
- 抗抗原基因的数量往往很少,因此需要深度测序才能检测到.
研究的目的:
- 评估诱捕获元基因组学,以表征各种食物类型中的AMR和等离子体基因.
- 为了比较诱捕获对抗AMR基因检测中猎枪元基因组学的有效性.
主要方法:
- 使用诱捕获探头,准AMR和等离子体基因.
- 分析了零售牛肉,肉,,和小牛肉的丰富培养 (n=15).
- 将捕捉诱与总枪甲基因组学和基于培养的方法进行比较.
主要成果:
- 捕捉诱所需的读数比猎枪的读数少40倍.
- 诱捕获检测到AMR和等离子体基因类/家族的数量是AMR和等离子体基因类/家族的两倍.
- 捕捉诱对扩展谱β-乳糖酶 (ESBL) 基因 (44%) 的阳性反应高于猎枪 (26%) 和培养 (29%).
结论:
- 诱捕获元基因组学是有效的在食品样本中识别低丰度的AMR基因.
- 这种方法增强了对食物抵抗体和等离子体的特征.
