使用滴滴数字和定量RT-PCR从废水中回收SARS-CoV-2病毒度和提取方法的评估

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 病毒学 病毒学
• 公共卫生监督是对公共卫生的监督.

背景情况:

• 随着COVID-19的爆发,人们越来越需要快速,经济高效的疾病监测.
• 基于废水的流行病学 (WBE) 为监测像SARS-CoV-2这样的传染病提供了一个有前途的工具.
• 废水中的病毒碎片化对精确的基因组监测提出了挑战.

研究的目的:

• 评估和优化缩和从废水中提取SARS-CoV-2的方法.
• 确定最大限度地提高病毒恢复的协议,以获得可靠的WBE.
• 引导实验室建立强大的SARS-CoV-2废水监测协议.

主要方法:

• 五种不同的废水度方法的比较.
• 评估了四个商业RNA提取套件.
• 使用来自患者的SARS-CoV-2进行恢复评估的尖端实验.
• 使用RT-qPCR和RT-ddPCR针对N1,N2和N3标记物的SARS-CoV-2的检测.

主要成果:

• 恢复率差异很大,从提取套件的2.1-37.6%到缩套件的0.1-2.1%.
• 基于直接捕获的度方法显示出优异的回收,时间效率和成本效益.
• 在RT-qPCR和RT-ddPCR结果之间观察到强烈的一致性,用于SARS-CoV-2恢复.

结论:

• 建议使用直接捕获方法来优化WBE中的SARS-CoV-2恢复.
• 仔细选择度和提取协议对于减轻病毒分裂至关重要.
• 这项研究验证了WBE对SARS-CoV-2监测的有效性,并为实验室实施提供了实际指导.