DPHL v.2:一个更新和全面的 DIA 全人类测定库,用于量化超过 14,000 种蛋白质
Zhangzhi Xue1,2,3, Tiansheng Zhu1,2,3,4, Fangfei Zhang1,2,3
1iMarker Lab, Westlake Laboratory of Life Sciences and Biomedicine, Key Laboratory of Structural Biology of Zhejiang Province, School of Life Sciences, Westlake University, Hangzhou, Zhejiang Province 310024, China.
Patterns (New York, N.Y.)
|July 31, 2023
概括
增强的泛人类预测库v.2 (DPHL v.2) 在基于质谱 (MS) 的蛋白质组学中显著改善了蛋白质生物标记物的发现. 这种扩展的图书馆增加了已识别和失调的蛋白质,为潜在的癌症生物标志物提供了更大的池.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物标志物发现发现
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 一个全面的泛人类光谱库对于基于质谱 (MS) 的蛋白质组学和生物标志物发现至关重要.
- 上一个版本DPHL v.1包含了来自16种人体组织类型的1096个MS运行的数据,识别了10943种蛋白质.
研究的目的:
- 为了生成一个改进的全人类光谱库 (DPHL v.2) 具有更广泛的蛋白质组覆盖.
- 评估DPHL v.2对增强癌症队列中蛋白质生物标记物识别的有用性.
主要方法:
- DPHL v.2使用1608个数据依赖获取 (DDA) -MS数据集构建,结合了来自18种组织类型的新数据和DPHL v.1的数据.
- 创建了DPHL v.2的四种变体,包括半性和蛋白质异型.
- 应用DPHL v.2来分析两个结直肠癌队列.
主要成果:
- DPHL v.2包括来自24种样本类型的数据,包括各种癌症类型.
- 与DPHL v.1相比,DPHL v.2对结肠直肠癌队列的应用导致识别蛋白质至少增加21.7%,显著失调蛋白质增加14.2%.
- 由于DPHL v.2的扩大了蛋白质覆盖范围,可以更好地识别潜在的蛋白质生物标记物.
结论:
- DPHL v.2 代表了全人类蛋白质组学光谱库的重大进步.
- 增强的图书馆有助于更全面的生物标志物发现,特别是在复杂的疾病,如癌症.
- DPHL v.2为识别更多的潜在蛋白质生物标记物提供了宝贵的资源.
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