新的综合计算AMP发现方法突出了虫AMP曲目中的多样性
Allister Irvine1, Darrin McKenzie1, Ciaran J McCoy1
1Microbes & Pathogen Biology, The Institute for Global Food Security, School of Biological Sciences, Queen's University Belfast, Belfast, United Kingdom.
PLoS pathogens
|July 31, 2023
概括
抗微生物 (AMP) 对无脊椎动物的免疫力至关重要. 这项研究揭示平虫缺乏传统的AMP,但在虫中发现了超过16,000种新的AMP类,提供了新的抗菌潜力.
科学领域:
- 无脊椎动物免疫学 无脊椎动物免疫学
- 发现了抗微生物的发现.
- 虫生物学 虫生物学
背景情况:
- 抗微生物 (AMP) 是无脊椎动物中重要的免疫作用因子.
- 虫与宿主和微生物群有复杂的相互作用,可能涉及AMP.
- 之前的AMP研究集中在线虫上;平虫AMP仍然未被描述.
研究的目的:
- 在平虫中描述AMP的作品.
- 开发用于虫AMP发现的新型计算方法.
- 为了识别和验证新的虫衍生的抗微生物.
主要方法:
- 基于同质学的对算法AMP预测的比较分析.
- 为AMP发现开发一个集成的计算管道.
- 使用抗菌试验和生物流体检测对新型AMP类的实验验证.
主要成果:
- 平虫没有编码已知的lophotrochozoan AMP群 (大防御素,CSαβ,Myticalin).
- 一个新的计算管道在127种虫物种中确定了超过16,000个可谓的AMP类.
- 富含氨酸的类是主导的;发现了8种具有抗菌活性的新型AMP类类.
- 在Ascaris suum生物流体中检测到AMP类.
结论:
- 创新的算法方法在发现新型虫AMP方面优越.
- 虫拥有大量,基本上没有特征的AMP类.
- 这些发现为新型抗微生物发现和虫控制策略提供了机会.


