ISOMatchMS:开源软件用于高分辨率MALDI-MS光谱的自动注释和可视化
David J Degnan1, Kevin J Zemaitis2, Logan A Lewis1
1Biological Sciences Division, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, Washington 99354, United States.
IsoMatchMS是一个新的R包,用于分析矩阵辅助激光消耗/电离质谱 (MALDI-MS) 数据. 它自动识别蛋白质,和甘氨酸,简化了复杂的分子同位素配置分析.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 矩阵辅助激光脱/电离质谱法 (MALDI-MS) 广泛用于识别生物样本中的分子同位素配置文件.
- 目前的MALDI-MS软件经常与蛋白质中复杂的同位素分布作斗争,限制了它们在蛋白质组学中的应用.
- 化合物识别通常依赖于外部数据库进行精确的质量匹配,特别是当并联MS碎片化数据缺少时.
研究的目的:
- 推出IsoMatchMS,这是一个R包,旨在对MALDI-MS数据进行自动注释.
- 将MALDI-MS数据分析能力扩展到多种数据类型,包括完整的蛋白质,和甘氨酸.
- 为简化复杂MALDI-MS数据的注释和可视化提供一个用户友好的工具.
主要方法:
- 开发一个R包,IsoMatchMS,用于自动MALDI-MS数据注释.
- 实现功能,接受预先衍生的分子公式或从/蛋白质列表中导出它们,包括翻译后修改.
- 整合了一个特雷利斯科普显示器,用于交互式可视化和匹配的同位素配置文件的过.
主要成果:
- IsoMatchMS 能够自动注释 MALDI-MS 数据的完整蛋白质,和糖素.
- 该包可以导出蛋白质组学应用的分子公式,容纳翻译后修改.
- 通过trelliscope显示器进行交互式可视化,可以根据比赛得分和峰值计数有效过和排序结果.
结论:
- IsoMatchMS简化了MALDI-MS数据的注释,特别是对于蛋白质等复杂的生物分子.
- 该工具通过提供可访问和可过的同位素配置文件可视化来增强下游分析.
- IsoMatchMS扩大了MALDI-MS在生物样本分析中的实用性,特别是在蛋白质组学和糖组学方面.
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