在废水中共同循环的SARS-CoV-2变种的占主导地位
John David Pilapil1, Kin Israel Notarte2, King Lun Yeung3
1Department of Chemical and Biological Engineering, The Hong Kong University of Science and Technology, Clear Water Bay, Kowloon, Hong Kong SAR, China.
概括
废水监测跟踪了像Omicron这样的SARS-CoV-2变种,揭示了与传播增加相关的突变. 该方法补充了监测病毒演变和全球传播的临床数据.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 构成了全球重大健康挑战.
- 废水监测提供了一种跟踪SARS-CoV-2的方法,但其监测变种演变的潜力尚未得到充分探索.
研究的目的:
- 分析多个国家的废水中SARS-CoV-2血统和突变的长期流行和共同循环.
- 将基于废水的基因组监测与传统的流行病学方法进行比较.
主要方法:
- 从2020年3月到2023年5月的9个国家的8511个废水衍生基因组序列的分析.
- 在废水样本中识别和分析SARS-CoV-2变种及其突变.
主要成果:
- 观察到包括B.1在内的变种的统治性转变,阿尔法,三角形和Omicron,在2022年Omicron血统增加了三倍.
- 确定了5031种独特的氨基酸替代物,其中一些与增强的病毒传播和健康有关.
- 证明了废水监测能够检测病毒演变和共同循环的菌株的能力.
结论:
- 基于废水的基因组监测为SARS-CoV-2进化动态提供了有价值的,长期的,多国概述.
- 这种方法有效地补充了临床监测,用于早期检测病毒菌株和传播模式.
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