从后急性病例的便样本中测序SARS-CoV-2基因组意味着与减少抗体中和相关的新突变
Natalya Panova1, Nina P Allan1, Noelle C Rubas1
1University of Hawaii, USA.
European journal of biomedical research
|August 1, 2023
概括
研究人员开发了一种方法,可以从康复患者的便样本中测序SARS-CoV-2基因组,直到感染后四个月. 这一进步有助于跟踪病毒演变,并了解对不同变异的免疫反应.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 对SARS-CoV-2的全基因组测序对于流行病追踪至关重要.
- 目前的方法依赖于活跃传染个体的鼻样本,这些样本只能在感染初期获得.
- 从康复患者中测序病毒基因组为长期流行病学监测提供了有价值的工具.
研究的目的:
- 开发和验证一个协议,以隔离和测序SARS-CoV-2基因组从后急性COVID-19患者的便样本.
- 评估全基因组测序从症状出现后最多120天内收集的便样本的可行性.
- 在康复个体中调查与SARS-CoV-2变异有关的基因多样性和抗体反应.
主要方法:
- 开发了一种协议,从便样本中分离和测序SARS-CoV-2RNA.
- 使用了QIAamp病毒RNA迷你套件和Ion Ampliseq图书馆套件Plus用于DNA隔离和测序.
- 使用Luminex面板评估患者血中的中和抗体能力.
主要成果:
- 从急性后患者的便样本中的32.8% (21/64) 成功测序了整个SARS-CoV-2基因组.
- 鉴定了来自近距离接触患者的SARS-CoV-2基因组之间的分歧的基因关系.
- 观察到与不同变异相关的SARS-CoV-2结构蛋白的不同抗体反应.
- 发现了一种与抗体中和能力减少与病毒相关的新型点突变.
结论:
- 从便样本中测序SARS-CoV-2基因组的可靠协议,在感染后长达4个月.
- 这种方法促进了对变异特异性免疫反应的回顾性研究以及对SARS-CoV-2的安全,长期基因组监测.
- 这些发现支持使用便样本进行先进的流行病学跟踪和了解康复人口中的病毒演变.
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