数据库创建者用于和蛋白质的质量分析,DC-MAPP:一个独立的工具,简化手动分析质谱数据,以识别/蛋白质序列

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 蛋白质组学研究依赖于软件进行串联质谱 (MS/MS) 数据注释,以识别和蛋白质.
• 现有的软件使用蛋白序列数据库计算m/z值,但通常会将这些计算值隐藏在用户面前.
• 这种缺乏透明度可能会阻碍对搜索引擎流程和方法设计的理解.

研究的目的:

• 介绍数据库创建者用于和蛋白质的大规模分析 (DC-MAPP),这是一个创建定制,可查看m / z值数据库的新软件.
• 提供一个工具,提高用户对蛋白质组数据分析工作流程的理解.
• 为了促进有针对性的实验的设计,如多重反应监测 (MRM) 方法.

主要方法:

• DC-MAPP使用三模块结构进行自定义数据库创建和分析.
• 模块1接受用户选择的/蛋白序列,构建一个自定义数据库.
• 模块2和3支持对ESI和MALDI数据进行序列识别和质指纹 (PMF) 的m/z值查询.

主要成果:

• 在数据库搜索之前,DC-MAPP可以"查看"计算的前体和碎片离子m/z值.
• 该软件支持对翻译后修改和蛋白质异构体的分析.
• 它以Python实现,具有用户友好的Page/Tcl图形界面.

结论:

• 通过允许用户检查计算的m/z值,DC-MAPP为蛋白质组数据分析提供了一种透明的方法.
• 该工具可以提高对搜索引擎机制的理解,并有助于蛋白质组学实验设计.
• 虽然DC-MAPP有效用于基于序列的搜索,但不适合用于光谱库搜索.