Milletdb:一个多omics数据库,以加速功能基因组学和小米的分子育种的研究

科学领域:

• 农业科学 农业科学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 麦芽是重要的营养丰富的粗谷物,对容易受到压力的地区的粮食安全至关重要.
• 它们对非生物压力的抵抗力使它们成为改善作物的宝贵遗传资源.
• 缺乏集成的多omics平台阻碍了对压力反应基因的识别和小米的分子繁殖.

研究的目的:

• 开发一个全面的,用户友好的,多omics数据库,用于千叶.
• 为了促进与压力相关的基因的挖掘,并支持分子繁殖的努力.
• 为小米基因组学和功能分析提供一个集中平台.

主要方法:

• 开发了Milletdb网络可访问平台 (http://milletdb.novogene.com).
• 整合了6种小米物种和1种相关物种的基因组数据.
• 包括基于图表的珍珠小米泛基因组学和多基因组学数据,包括在不同压力条件下产量特征的GWAS结果.

主要成果:

• Milletdb提供了对基因组,泛基因组和广泛的与压力相关的多基因组数据的访问.
• 在田间,早期干旱和晚期干旱条件下存储了20种产量特征的全基因组关联研究 (GWAS) 数据.
• 该平台确定了一种特定的基因 (PMA1G03779.1),有可能调节产量和应激反应,并揭示了小米加入中PLATZs TFs的扩张.

结论:

• Milletdb是目前可用的最完整的小米多omics数据库,简化了功能基因组学分析.
• 该平台提供20种分析工具,包括基因映射和丰富分析.
• Milletdb使研究人员能够在关键基因发现,基因组编辑和小米的分子育种方面发挥作用,提高作物弹性和粮食安全.