从脑脊液中生成单细胞转录组的冷保存的结构性评估
Hanane Touil1, Tina Roostaei1, Daniela Calini2
1Center for Translational & Computational Neuroimmunology, Department of Neurology, Columbia University Irving Medical Center, New York, NY 10032, USA.
Cell reports methods
|August 3, 2023
概括
低温保存有效地保护大脑脊髓液 (CSF) 细胞用于单细胞RNA测序. 这种方法确保了准确的细胞类型和转录组分析,为脆弱的骨髓样本的即时处理提供了可行的替代方案.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 神经科学是一个神经科学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞转录学为大脑脊髓液 (CSF) 细胞组成提供了深入的见解.
- 脆弱的CSF细胞对即时处理构成挑战,可能会限制大规模研究.
研究的目的:
- 开发和验证一个强大的CSF细胞冷保存协议.
- 评估冷保存对CSF细胞活力,转录形状和免疫细胞克隆型对单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的影响.
主要方法:
- 在两个地点从21名参与者收集了CSF样本.
- 将样品分为新鲜加工和冷保存组.
- 在新鲜和冷保存样本上进行了scRNA-seq和B和T细胞受体测序.
主要成果:
- 在冷保存和解后,所有已知的CSF细胞类型的高恢复率.
- 新鲜细胞和冷保存细胞之间的细胞类型比例或细胞转录组没有显著差异.
- 不同地点和scRNA-seq化学物质的结果一致;克隆型多样性没有受到影响.
结论:
- 开发的冷保存协议有效地保护了scRNA-seq.的CSF细胞.
- 这种方法为即时处理提供了可靠的替代方案,使CSF细胞的大规模研究成为可能.
