模拟人类STING的C端尾部及其与结合激酶1的相互作用
Rahaf Ata Ouda Al-Masri1, Hajara Audu-Bida1, Şebnem Eşsiz1
1Kadir Has University, Faculty of Engineering and Natural Sciences, Department of Molecular Biology and Genetics, İstanbul, Turkey.
这项研究模拟了干扰素基因刺激器 (STING) 的C端尾 (CTT) 在活跃和不活跃状态. 与TBK1的对接揭示了活跃的STING CTT模型更类似于冷EM结构.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 结构生物学 结构生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 干扰素基因刺激器 (STING) 对天生的免疫非常重要,通过cGAS-cGAMP-STING通路调解细胞对病原体的防御和自我DNA.
- STING的C端尾 (CTT) 对于途径成员的招募至关重要,但它的结构在实验中仍未确定.
- 激活时,STING经历了显著的构造变化,从一个开放的,灵活的不活跃状态过渡到一个封闭的,β片屏蔽的活跃状态.
研究的目的:
- 执行STING CTT域的循环建模,无论是活跃的还是不活跃的构造.
- 通过分子对接,研究活性和非活性STING与坦克结合激酶1 (TBK1) 的结合模式.
- 为了进行结构验证,将计算模型与现有的冷电子显微镜 (cryo-EM) 数据进行比较.
主要方法:
- 对STING C-终端尾部 (CTT) 域的计算循环建模.
- 用TBK1.1对STING (活性和非活性) 的分子对接模拟.
- 与STING-TBK1复合体的冷EM结构进行对比.
主要成果:
- 在模拟的活跃STING结构中,CTT循环与对接期间的不活跃状态相比,保持在更高的位置.
- 所有对接模型,无论STING激活状态如何,都显示相对于TBK1.1的整体定位相似.
- 从活跃的STING构造,特别是链B中衍生出来的模型与复合体的冷EM结构具有更大的相似性.
结论:
- 计算建模为STING CTT域的结构动态提供了洞察力.
- 在与TBK1.1相互作用时,活性STING构造的CTT定位与实验结构更一致.
- 这项研究增强了对STING-TBK1相互作用的理解,这对于先天性免疫信号和治疗点发展至关重要.
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