16S rRNA基因原始选择对人类胃肠道活检和微生物组概况分析中的非目标放大产生影响
Tereza Deissová1, Martina Zapletalová1, Lumír Kunovský2,3
1Department of Biochemistry, Faculty of Science, Masaryk University, Kamenice 735/5, 62500, Brno, Czech Republic.
Scientific reports
|August 3, 2023
概括
新的16SrRNA测序原始体 (V1-V2M) 在人类临床样本中有效地对细菌组进行分析. 这种方法避免了人类DNA放大,为低细菌样本提供了更高的准确性和成本效益.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 16S rRNA 测序和元转录组学是微生物分析的标准.
- 由于非目标放大,目前的方法在生物样本中的高人类DNA含量方面存在困难.
- 现有的协议不足以分析临床样本中的细菌体,其中主要是人类DNA.
研究的目的:
- 开发一种高效,可靠和负担得起的方法,用于人类临床样本中的细菌组分析.
- 为了克服现有的16S rRNA测序协议对生物样本的局限性.
- 为了比较不同16S rRNA原始组的有效性,用于人类样本分析.
主要方法:
- 在40个人类活检 (食道,胃,十二指肠) 中研究了微生物群概况.
- 使用V4 (515F-806R) 和V1-V2M (修改68F-338R) 的V4 (515F-806R) 和V1-V2M (修改68F-338R) 的16S rRNA安普利康序列.
- 评估了非目标人类DNA放大,分类学丰富性和可重复性.
主要成果:
- V4原始剂导致~70%的非目标人类DNA放大.
- V1-V2M原始体没有显示出显著的非目标人类DNA放大.
- 与V4原料相比,V1-V2M原料产生了更高的分类学丰富性和更好的可复制性.
结论:
- V1-V2M 16S rRNA测序方法是细菌组分析的可靠和成本有效的方法.
- 这种方法适用于医学研究中低细菌丰富的人体样本.
- 在临床样本分析中,V1-V2M原始剂比V4原始剂显著改善.
