对465个患有神经发育障碍的家族进行基因组测序和综合罕见变异分析
Alba Sanchis-Juan1, Karyn Megy2, Jonathan Stephens3
1Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK; NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK; Molecular Neurogenetics Unit, Center for Genomic Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA; Department of Neurology, Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA; Program in Medical and Population Genetics, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
基因组测序 (GS) 改善了神经发育障碍 (NDD) 的遗传诊断. 结合短读和长读GS,在36%受影响的个体中确定了因果变异,为NDD遗传调查提供了全面的方法.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 许多神经发育障碍 (NDD) 缺乏遗传诊断,即使在外基因组测序后.
- 确定NDD的遗传基础对于诊断和治疗至关重要.
研究的目的:
- 评估短读基因组测序 (GS) 的有效性,增强长读GS,诊断NDDs.
- 来自NIHR BioResource项目的NDD个体中识别新的因果变异.
主要方法:
- 从465个家庭的692个人 (489名受影响者,203名亲属) 进行了短读GS.
- 长时间阅读的GS用于5名患有复杂或具有挑战性的结构变异 (SV) 的受影响人群.
- 变体分析包括SNVs,indels,SVs,非编码和线粒体变体.
主要成果:
- 在36%受影响个体 (177/489) 中发现了因果变异.
- 另外23% (112/489) 在重新分析后具有不确定的意义的变异.
- 长读GS解决了复杂的SV,并从短读GS澄清了变体解释.
结论:
- 短读GS,补充长读GS,显著提高了NDD的诊断产量.
- 基因组测序提供了一种全面而公正的方法,用于检测NDD患者的核和线粒体基因组中的所有变异类型.
更多相关视频
08:22A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations
Published on: December 1, 2017
09:34Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease
Published on: April 4, 2018
