在膀癌中,染色体19 miRNA集群的综合多组学分析
Akshay Pramod Ware1, Kapaettu Satyamoorthy2,3, Bobby Paul4
1Department of Bioinformatics, Manipal School of Life Sciences, Manipal Academy of Higher Education, Manipal, Karnataka, 576104, India.
Functional & integrative genomics
|August 5, 2023
概括
大染色体19微RNA集群 (C19MC) 在膀癌 (BCa) 中高度表达. 转录因子和染色质修饰剂可能会驱动这种过度表达,影响瘤抑制基因并提供潜在的BCa生物标志物.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症生物学 癌症生物学
- 分子瘤学分子瘤学
背景情况:
- 染色体19微RNA集群 (C19MC) 是人类基因组中已知的最大的miRNA集群,包括46个miRNA.
- 它是从一个长的非编码基因组区域转录的,并且通常表现出协调的,高水平的表达.
研究的目的:
- 使用整合性多组学数据,研究C19MC在膀癌 (BCa) 的调节,表达模式和影响.
- 根据C19MC和相关的监管要素,确定BCa的潜在诊断和预后标志物.
主要方法:
- 对C19MC调节和BCa表达的综合性多组学数据分析.
- 对拷贝数变异 (CNV),CPG岛甲基化和促进区基因表达 (转录因子和染色质修饰剂) 的分析.
- 评估C19MC目标基因,特别是瘤抑制剂 (TS) 基因,以及它们与患者存活率的相关性.
主要成果:
- 43个C19MC成员在BCa中表达很高,但与CNV增长没有显著相关.
- 在C19MC上游的CpG岛屿低甲基化在BCa队列中没有统计学意义.
- 调节C19MC的7个转录因子和5个染色体修饰剂在BCa中过度表达,C19MC向42个下调的TS基因,15个显著影响生存.
结论:
- 转录因子和染色质修饰剂可能会调节BCa.中的C19MC过度表达.
- 上调的C19MC成员,转录调节器和TS基因代表了BCa.的潜在诊断,预后和治疗标.
