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Updated: Jul 20, 2025
11:11
Detection of Rare Mutations in CtDNA Using Next Generation Sequencing
Published on: August 24, 2017
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一种超敏感的方法来检测短和罕见的无细胞DNA中的突变
Lin Wang1, Yu Zhuang2, Yue Yu3
1Department of Laboratory Medicine, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, China.
Biosensors & bioelectronics
|August 5, 2023
概括
这种新的One-PrimER放大 (OPERA) 系统有效地检测出罕见的,碎片化的循环瘤DNA (ctDNA) 突变. OPERA显示出优越的灵敏度和低的错误率,改善了从液体活检中早期发现癌症.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 循环瘤DNA (ctDNA) 通常是短的和罕见的,限制了当前的向测序灵敏度.
- 在碎片化DNA中检测低变异基频率 (VAF) 突变对现有方法来说具有挑战性.
研究的目的:
- 开发和评估一个PrimER放大 (OPERA) 系统,以提高在短DNA片段中低VAF突变的检测.
- 评估OPERA的表现与已建立的方法 (如CAPP-Seq和滴滴数字PCR) 相比.
主要方法:
- 为放大短DNA片段的OPERA系统开发.
- 使用不同片段大小和VAFs的细胞系衍生和合成DNA样本进行性能评估.
- 分析来自健康志愿者和肺癌患者的血样本.
主要成果:
- 在50-150bp的片段中,OPERA检测到低至0.0025%VAF的突变,其表现优于CAPP-Seq (>0.03%VAF).
- 显著高于滴滴数字PCR的灵敏度为80bp碎片在0.03%-0.1%的VAF.
- 通过抑制单链错误,在等离子体中实现了低的每基5.9×10-5的误差率,进一步减少.
- 在57.1%的I期肺癌患者中检测到突变,在瘤<1厘米3.3的患者中具有100%的特异性和30.0%的敏感性.
结论:
- OPERA系统有效地检测罕见和高度碎片化的ctDNA中的突变.
- 在基于液体活检的癌症检测中,OPERA在灵敏度和准确度方面取得了显著的进步.
- 这项技术有望为更早,更精确的癌症诊断和监测提供希望.
