纽约州的Mycobacterium tuberculosis复杂全基因组测序:实施了降低表型药物敏感性测试算法
Joseph Shea1, Tanya A Halse1, Herns Modestil2
1Wadsworth Center, New York State Department of Health, Albany, NY, USA.
Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
|August 5, 2023
概括
全基因组测序 (WGS) 准确预测了Mycobacterium结核综合体 (MTBC) 的耐药性,比传统测试提供更快的结果. 这种分子方法简化了抗菌素敏感性测试,改善了患者的护理.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 全基因组测序 (WGS) 显示出在Mycobacterium tuberculosis复合体 (MTBC) 中预测耐药性和抗菌素敏感性的潜力.
- 基于文化的表型药物敏感性测试 (pDST) 是当前的标准,但可能耗时.
研究的目的:
- 为了比较基于WGS的分子药物敏感性测试 (mDST) 与MTBC的传统pDST的准确性.
- 评估WGS在现实环境中的临床实用性,包括周转时间和对测试算法的影响.
主要方法:
- 一项为期两年的并行研究,比较WGS mDST与pDST (MGIT和阿加比例测试).
- 对一线药物和回归时间的负预测值的分析.
- 实施一个新的算法,优先考虑WGS结果,以减少对pDST的依赖.
主要成果:
- 黄体质量学表明,里法 (99.9%),异亚 (99.0%),皮拉津胺 (98.5%) 和乙ambutol (99.8%) 的高负预测值.
- 平均而言,WGS的结果比MGIT的pDST早8天.
- 新的算法消除了66.6%的样品的pDST,并减少了额外的22.0%,降低了成本和周转时间.
结论:
- WGS是预测MTBC中耐药性和抗菌素敏感性的可靠方法.
- 在临床算法中实施WGS显著减少了对pDST的需求,从而导致更快的诊断和成本节省.
- 这种方法保持了MTBC病例的综合敏感性概况.
