从各种剩余的血液样本中自动和强大的基因组DNA提取
Jianlan You1, Jan Osea1, Sandra Mendoza1
1Center for Biospecimen Research & Development, New York University Grossman School of Medicine, New York, NY, 10016, USA.
Analytical biochemistry
|August 5, 2023
概括
常规测试中的剩余血液样本可以成为基因组DNA (gDNA) 的宝贵来源. 有了优化预处理的自动化方法,可以有效地提取可测序gDNA用于研究和诊断.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 从临床样本中分离基因组DNA (gDNA) 对诊断和研究至关重要.
- 常规临床检测中剩余的血液样本通常被丢弃.
- 探索gDNA的替代来源可以提高资源利用率.
研究的目的:
- 评估使用各种临床剩余血液样本作为gDNA来源的潜力.
- 优化从这些样本中提取gDNA的自动化方法.
- 评估储存条件对gDNA产量和质量的影响.
主要方法:
- 使用自动化平台进行gDNA提取.
- 针对不同类型的剩余血液进行优化预治疗方案.
- 研究了从EDTA和血清分离管中恢复的gDNA.
- 评估了在4°C和-80°C长时间储存对gDNA产量的影响.
主要成果:
- 从七种类型的临床剩余血液样本中成功提取了gDNA.
- 平均gDNA产量从3.11 ± 0.45到22.45 ± 4.83μg不等.
- 从存储长达78周的EDTA样本中提取了显著的gDNA产量 (8.62-68.08μg).
- 从血清分离管 (0.61-71.29μg) 和EDTA管 (3.94-215.98μg) 使用96孔格式获得可测序的gDNA.
结论:
- 临床剩余血液样本是gDNA提取的可行和丰富的来源.
- 具有优化预处理的自动化高吞吐量平台可实现高效的gDNA隔离.
- 这种方法提供了一种具有成本效益和可持续的方法来获得用于研究和诊断的gDNA.
