使用MinION测序,对孤立的巨型病毒进行全基因组快速分析

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 自Acanthamoeba多菌模仿病毒以来,已经发现了各种各样的巨型病毒.
• 对于大多数巨型病毒分离物存在有限的基因组数据,这阻碍了对它们多样性的理解.
• MinION测序为基因组测序提供了一个便携式,具有成本效益的长读解决方案.

研究的目的:

• 评估巨型病毒的MinION-only基因组组装的准确性和有效性.
• 为了证明MinION测序对新分离的巨型病毒的新组装的有用性.
• 评估在较低的测序覆盖范围分析巨型病毒分类学和基因组学的可行性.

主要方法:

• 使用MinION.com重新测序一个原型马赛病毒.
• 通过使用MinION读取5个新分离的巨型病毒的新组装.
• 对组装的基因组进行准确性,核酸标识和分类学分类的分析.
• 读取的子样本,以确定分析的最小序列覆盖范围.

主要成果:

• 只有MINION组件实现了>99.98%与参考马赛病毒基因组的相同性,差距最小.
• 新分离的病毒被成功组装在一起,代表了马赛病毒,皮索病毒和仿真病毒的潜在新物种.
• 在50×测序覆盖率下,分类学和基因组分析是可行的.
• 确定了一种具有元基因组特异性同类基因的pithovirus基因.

结论:

• 只有MiniON组装是巨型病毒基因组的高度准确的方法.
• 这种方法可以快速地对孤立的巨型病毒进行全基因组分析.
• MinION测序显著增强了对巨型病毒基因组多样性和进化的研究.