在中国霍尔斯坦牛中,单细胞转录组和外周血液单核细胞的染色质可访问性数据集
Xiao Wang1, Yahui Gao2, Cong-Jun Li2
1Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, 250100, China.
BMC genomic data
|August 7, 2023
概括
这项研究研究了脂多糖 (LPS) 如何使用单细胞测序影响乳牛外围血液单核细胞 (PBMCs). 这些数据揭示了细胞对LPS的反应,增强了我们对牛免疫机制的理解.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 乳制品科学 乳制品科学
背景情况:
- 脂多糖 (LPS) 是炎症和免疫反应的关键媒介.
- 周围血液单核细胞 (PBMC) 在免疫系统中起着至关重要的作用.
- 了解单细胞水平上对牛PBMCs的LPS影响至关重要,但在很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 研究LPS刺激对单细胞水平上的牛PBMCs的影响.
- 为了分析对LPS的反应中转录组和染色质可访问性的变化.
- 在受LPS影响的PBMC中识别特定的细胞类型和功能.
主要方法:
- 采用了单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞对转化酶可访问的染色质 (scATAC-seq) 的测定.
- 在四个条件下从中国荷尔斯坦牛中收集PBMC:没有LPS,2小时,4小时和8小时的LPS刺激.
- 超过3万个单细胞被测序并绘制出地图,并提供了关于基因表达和染色质可访问性的详细数据.
主要成果:
- 该研究产生了牛PBMCs的全面单细胞转录组和染色质可访问性数据集.
- 分析显示,在暴露于LPS后,PBMCs具有明显的细胞反应和功能变化.
- 数据提供了关于牛中LPS对免疫反应的动态调节的见解.
结论:
- 生成的数据集为了解牛中的PBMC异质性和功能提供了宝贵的资源.
- 这项研究增强了对牛对LPS等炎症刺激的免疫反应的知识.
- 这些发现有助于对乳牛研究中的基因组和细胞数据进行综合分析.
