一个实地可部署的实时循环介导的同热放大,准5个nrdB基因拷贝,用于检测类植物中的"Candidatus Liberibacter asiaticus"
Tirumalareddy Danda1, Jong-Won Park1, Kimberly L Timmons1
1Texas A&M University-Kingsville Citrus Center, 312 N. International Blvd., Weslaco, TX 78599, USA.
The plant pathology journal
|August 8, 2023
概括
一种新的实时循环介导同热放大 (rt-LAMP) 试验,使用原始DNA提取物在果中快速检测黄龙 (HLB). 这种现场部署的方法为HLB提供了可靠的查,补充了传统的qPCR诊断.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 细菌学 细菌学是一门学科.
背景情况:
- 黄龙 (HLB) 是一种在全球范围内毁灭性的类病,由亚洲候选菌 (Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas) 引起.
- 目前的诊断方法,如定量实时聚合酶连锁反应 (qPCR) 是敏感的,但实验室依赖和耗时.
- 需要快速,可在现场部署的诊断工具,以有效管理HLB.
研究的目的:
- 开发和验证一个实时循环介导的同热放大 (rt-LAMP) 试验,用于快速检测CLas.
- 为了评估rt-LAMP测试在各种类样本和亚洲类植物 (ACP) 中的性能.
- 评估使用原始DNA提取物用于基于现场的HLB查的可行性.
主要方法:
- 开发一种rt-LAMP试验,针对CLas五副本的nrdB基因.
- 用各种植物组织 (叶子,树皮,根) 和ACP.测试试剂.
- 将rt-LAMP结果与用于CLas检测的基于实验室的qPCR进行比较.
主要成果:
- rt-LAMP试验成功检测到CLas在~2.6Log10副本的水平.
- 与qPCR相比,树叶,树皮和ACP中的CLas检测率超过了96%.
- 纤维根的检测率低于qPCR,这是由于一些样本中的CLas标位较低.
- 测试表明,使用原始叶子DNA提取物证明了有效性.
结论:
- 开发的rt-LAMP检测方法为现场HLB查提供了快速可靠的方法.
- 这种测试可以使用原始DNA提取物,简化样品的准备.
- 虽然在某些情况下比qPCR稍微不太敏感,但rt-LAMP为快速检测和管理HLB决策提供了有价值的工具.
更多相关视频
05:03A Loop-mediated Isothermal Amplification LAMP Assay for Rapid Identification of Bemisia tabaci
Published on: October 29, 2018
16.6K
09:03Field-Deployable Candidatus Liberibacter asiaticus Detection Using Recombinase Polymerase Amplification Combined with CRISPR-Cas12a
Published on: December 23, 2022
2.7K
