识别潜在的伪基因来预测肝细胞癌的预后
Luqi Ge1,2, Tiefeng Jin2, Wanli Zhang1,2
1Department of Pharmacology, College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University of Technology, Hangzhou, China.
Journal of cancer research and clinical oncology
|August 8, 2023
概括
伪基因,如CTB-63M22.1,可能通过调节RNA结合蛋白来驱动肝细胞癌 (HCC) 的发生和进展. 这表明CTB-63M22.1可能是一个新的治疗标和HCC的预后标志物.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 是一种具有高复发率和转移率的致命癌症.
- 癌症干细胞 (CSCs) 与HCC的进展,转移,复发和耐药性有关.
- 伪基因在调节HCC干性的作用及其预后影响仍然不清楚.
研究的目的:
- 调查伪基因在调节HCC.癌症干细胞的作用.
- 为了确定与HCC预后和干性相关的特定伪基因.
- 阐明伪基因影响HCC进展的机制.
主要方法:
- 从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库下载的HCC临床数据.
- 计算了基于mRNA表达的干性指数 (mRNAsi),并选了差异表达的伪基因 (DEP).
- 执行单变Cox回归,突变频率分析,WGCNA和相关性分析,以及GO和KEGG通路分析.
主要成果:
- 在HCC中,高茎度与预后不佳相关.
- 确定了31个上调和8个下调的DEP,其中CTB-63M22.1被确定为不良预后指标.
- CTB-63M22.1表现出与mRNAsi相似的突变频率和共同表达模式,与RBPs LIN28B和NOP56相关,参与细胞循环和分裂.
结论:
- 假基因CTB-63M22.1可能通过RNA结合蛋白调节HCC干性.
- CTB-63M22.1显示出作为HCC的创新治疗点的潜力.
- CTB-63M22.1可以作为肝细胞癌的可靠预后标志物.
