一个Hyb-Seq的Boechera和相关属的基因组,使用了Angiosperms353和Brassicaceae特有的诱套的组合
Nikolai M Hay1, Michael D Windham1, Terezie Mandáková2,3
1Department of Biology, Duke University, Durham, 27708, North Carolina, USA.
American journal of botany
|August 10, 2023
概括
这项研究使用目标丰富解决了Boechera (Boechereae,Brassicaceae) 的系谱,揭示了Boechera内部的两个主要分类和三个核心分类. 这为这个重要的植物模型系统提供了一个新的分类学基础.
科学领域:
- 植物进化生物学 植物进化生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 人类遗传学 是一个学科.
背景情况:
- 博赫拉是生态基因组学和进化生物学中的一个关键模型系统.
- 以前的遗传学研究一直在努力解决Boechera中的物种关系.
研究的目的:
- 使用目标丰富序列数据来解决Boechera和相关属的族系.
- 为了研究目标丰富的实用性,以解决具有挑战性的植物基因.
主要方法:
- 使用Hybpiper管道分析了81种Boechera物种的101个样本.
- 使用了两个组合的诱套:Angiosperms353和一个Brassicaceae特定的套.
- 从使用超矩阵和物种凝聚方法的1114个低拷贝核基因中推断出关系.
主要成果:
- 为Boechereae部落产生了一个明确且得到高度支持的系谱.
- 在Boechereae中确定了两个主要分类:西北美Boechera和其他属.
- 在Boechera中识别了三个核心类,分为区域物种综合体.
结论:
- 介绍了第一个广泛采样的,对性双胞胎Boechera的良好分辨的系谱.
- 建立了博赫拉的基因组学信息的分类学基础.
- 对于继续使用Boechera作为模型系统至关重要.


