通过电子数据挖掘和核心基因组多位置序列类型化来分析与传播相关的第三代抗氨酸耐药肠道细菌
A Weber1, L Neffe2, L A P Diaz1
1Charité - Universitätsmedizin Berlin, Corporate Member of Freie Universität Berlin and Humboldt-Universität zu Berlin, Institute of Hygiene and Environmental Medicine, Berlin, Germany.
使用自动爆发检测和cgMLST,第三代抗素的Klebsiella pneumoniae (3GCR-KP) 传染被证实比3GCR Escherichia coli (3GCR-EC) 更频繁. 在疫情爆发期间,ICU中的3GCR-KP可能需要隔离接触者.
科学领域:
- 传染性疾病 传染性疾病
- 微生物学 微生物学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 第三代素耐药肠道细菌 (3GCR-E) 的医院内传播需要制策略.
- 接触隔离预防措施是限制3GCR-E在医疗机构内的传播的建议方法.
研究的目的:
- 在医院环境中量化3GCR大肠杆菌和3GCRK肺炎的传播率.
- 评估自动爆发检测系统 (AODS) 在识别潜在传播事件方面的有效性.
- 通过核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 来确认患者对患者的传播.
主要方法:
- 使用自动爆发检测系统 (AODS) 来识别2016年,2018年和2020年的3GCR肠杆菌群.
- 集群是由微生物学结果的表型相似性和时空接近性来定义的.
- 核心基因组多位置序列类型化 (cgMLST) 用于验证已识别的集群内的分离物之间的传播联系.
主要成果:
- 分析包括4343个3GCR大肠杆菌和1377个3GCR K. pneumoniae分离物.
- AODS确定了304个3GCR大肠杆菌集群分离物;cgMLST证实23个 (7.5%) 与传播相关,主要是在重症监护患者 (87%) 中.
- AODS确定了73个3GCR K. pneumoniae集群隔离物;cgMLST证实35个 (48%) 与传播相关,也主要在重症监护患者 (77%) 中.
结论:
- 核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 证实,3GCR K. pneumoniae传播的比例高于3GCR E. coli.
- 对3GCR K. pneumoniae的接触隔离预防措施可能在重症监护室有益,特别是在疫情期间.
- 这些发现表明,在隔离过程中要采取细微的方法,考虑特定的病原体和传播动态,例如对不太易传播的大肠杆菌.
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