表达量的特征甲基化分析阐明了DNA甲基化的基因调控效应:弗雷明汉心脏研究

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 系统生物学 系统生物学

背景情况:

• 基因甲基化影响基因表达,影响细胞功能和疾病.
• 了解甲基化和基因表达之间的关系对于剖析分子疾病机制至关重要.

研究的目的:

• 从全血DNA甲基化和基因表达数据开发CpG-转录对的综合资源.
• 识别表达量的特征甲基化 (eQTM) 协会及其在生物途径和临床特征中的丰富.
• 调查eQTMs在调解心脏代谢特征和共享遗传调节中的作用.

主要方法:

• 分析了来自2,115名弗拉明翰心脏研究参与者的全血DNA甲基化和RNA测序数据.
• 使用统计关联测试识别 cis 和 trans CpG-转录对.
• 在生物途径和临床特征中对顶级eGenes进行丰富分析.
• 在独立队列中重复显著的eQTM (妇女健康倡议,杰克逊心脏研究).

主要成果:

• 鉴定了70,047个显著的cis CpG-转录对 (p < 1E-7) 和246,667个显著的trans CpG-转录对 (p < 1E-14).
• 在细胞信号通路中丰富的top cis eGenes;在免疫反应通路中丰富的top trans eGenes.
• 对1208个cis和1191个跨临床特征的eQTM进行了显著的丰富.
• 在外部队伍中复制顶级eQTM.
• 证明eQTM对心脏代谢特征和共享遗传调节的调解.

结论:

• 开发一个强大的全血eQTM资源,将DNA甲基化位点与基因转录联系起来.
• 该资源为未来对疾病分子基础的功能研究提供了基础.
• eQTM在调解心脏代谢特征方面发挥着作用,并揭示了共享的遗传调节.