对CITE-seq的动态值和组织解离优化确定了转移性黑色素瘤中差异性表面蛋白丰度
Ulrike Lischetti1,2, Aizhan Tastanova3, Franziska Singer4,5
1Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, Mattenstrasse 26, 4058, Basel, Switzerland.
Communications biology
|August 10, 2023
概括
这项研究优化了CITE-seq用于固体活检,弥合了单细胞分析中的RNA-蛋白差距. 它确定了CD56作为转移性黑色素瘤的潜在生物标志物,为转化研究提供了指导方针.
科学领域:
- 单细胞生物学 单细胞生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 翻译研究是翻译研究.
背景情况:
- CITE-seq (通过测序对转录体和表皮体的细胞索引) 对于单细胞RNA-蛋白差距分析至关重要.
- 目前的应用仅限于液体活检,阻碍了固体组织分析.
研究的目的:
- 为了适应CITE-seq用于固体活检,特别是皮肤.
- 建立用于生物标志物发现的固体组织处理指南.
- 描述健康的皮肤和瘤微环境.
主要方法:
- 基于效率,细胞异质性和蛋白质组恢复的五种皮肤分离协议进行了比较.
- 分析了带有/没有解离的外周血液单核细胞 (PBMC),以评估对转录组和表位表达的酶作用.
- 进行了代码检测和相关性分析,以评估RNA-蛋白差距.
- 利用蛋白质丰度分析和多重免疫组织化学用于生物标志物验证.
主要成果:
- 已建立的细胞类型特定的关策略用于抗体信号识别.
- 确定了皮肤活检的最佳分离协议.
- 在转移性黑色素瘤细胞上确认了CD56表面标志物表达.
- 证明了CITE-seq用于固体组织生物标志物发现的可行性.
结论:
- 在固体活检中开发了CITE-seq应用的实用指南.
- 突出显示CD56作为转移性黑色素瘤的潜在生物标志物.
- 通过能够对瘤微环境进行强有力的分析,进行先进的单细胞转化研究.
