对食道状细胞癌和腺癌的比较转录组表征
Xianfeng Li1,2,3,4, Yan Wang1, Qingjie Min1
1Key laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education/Beijing), Laboratory of Molecular Oncology, Peking University Cancer Hospital & Institute, Beijing 100142, China.
Computational and structural biotechnology journal
|August 11, 2023
概括
食道状细胞癌 (ESCC) 和食道腺癌 (EAC) 在瘤发育中具有共同的转录基因模式,包括改变的信号通路和免疫激活,但具有不同的分子机制.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 食道癌包括食道状细胞癌 (ESCC) 和食道腺癌 (EAC).
- 之前的研究记录了ESCC和EAC的基因组变化 (epi).
- 缺乏对他们的转录组进行全面的比较分析.
研究的目的:
- 进行ESCC和EAC的转录组的全面比较.
- 在多个转录基层识别共享和独特的分子签名.
- 阐明ESCC和EAC瘤发生的共同和独特机制.
主要方法:
- 从公共数据库收集和分析了551个基因表达特征.
- 进行了转录组的系统比较,包括基因表达,促进子活动,替代拼接 (AS),替代多基 (APA) 和基因融合.
- 利用生物信息学分析差异表达模式和共同表达网络.
主要成果:
- 确定了七种不同的基因表达模式,富含PI3K-Akt信号传递,细胞外矩阵组织和抑制表皮发育.
- 在两种亚型中观察到共享的 lncRNA 同表达网络和与表皮发育抑制相关的下调促进体活性.
- 发现不同的AS和APA模式影响与感染相关的宿主基因;在ESCC和EAC之间没有检测到基因融合.
结论:
- 在多个层面上发现了ESCC和EAC之间的共享和独特的转录密码签名.
- 这些发现突显了这两种食道癌亚型发展中的共同点和独特的分子机制.
- 建议基于转录基因特征的亚型特定治疗策略的潜力.
