通过计算方法探索α,β不和碳化合物对抗细菌排泄
Sreenath Dey1, Sanket Rathod2, Kondba Gumphalwad2
1Macromolecular Structural Biology Lab, Department of Biotechnology, Indian Institute of Technology, Hyderabad, Telangana, India.
Journal of biomolecular structure & dynamics
|August 11, 2023
概括
这项研究确定了 chalcone 分子,Elastichalcone A 和 4'-methoxy-4-hydroxychalcone,作为 E. coli 中多药物排泄的潜在抑制剂. 这些化合物在通过准AcrB和EmrD来对抗抗生素耐药性方面表现有前途.
科学领域:
- 计算化学计算化学
- 药用化学 医学化学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 抗生素耐药性是一个关键的全球卫生问题,由细菌的多药性耐药性驱动.
- 多种药物排泄,如大肠杆菌中的AcrB和EmrD,是这种耐药性的关键贡献者.
- 针对这些排泄提供了一种潜在的战略,以恢复抗生素的疗效.
研究的目的:
- 为了识别具有针对大肠杆菌的抑制活性的新型石墨烯分子,AcrB和EmrD多药物排泄.
- 为了评估潜在的制剂抑制剂的药物相似性和药理动力学特性.
- 通过计算来评估已识别的石灰-排泄综合体的结合相互作用和稳定性.
主要方法:
- 在In silico中,ADMET和药物相似性预测是在100个石墨烯化合物库上进行的.
- 用分子对接模拟来评估与AcrB (PDB: 4DX5) 和EmrD (PDB: 2GFP) 的结合亲和力.
- 用分子动力学模拟和MM/PB(GB) SA计算来分析复杂的稳定性和结合热力学.
主要成果:
- 弹性甲对AcrB的结合亲和力为-9.9kcal/mol,而4缩写{'}methoxy-4缩写{'}hydroxychalcone对EmrD的结合亲和力为-9.8kcal/mol.
- 两种已识别的化合物都表现出有利的药物相似性和药理动力学特征.
- 分子动力学模拟证实了Elastichalcone A与AcrB的稳定相互作用超过100 ns.
结论:
- 石灰衍生物显示出作为E. coli中多药物排泄的抑制剂的显著潜力.
- 已识别的化合物,Elastichalcone A和4 methoxy-4 hydroxychalcone,是开发针对多药耐药细菌的新策略的有希望的线索.
- 进一步研究和优化这些石英可能会导致抗击细菌感染的新疗法.
