新型多重复合安普利康基测序用于从废水中量化SARS-CoV-2RNA
Gaofeng Ni1, Ji Lu1, Nova Maulani1
1Advanced Water Management Centre, The University of Queensland, St. Lucia, Brisbane, QLD 4072, Australia.
概括
一个新的ATOPlex测序平台增强了基于废水的流行病学,用于COVID-19监测. 它以优越的灵敏度检测SARS-CoV-2RNA,并使强大的遗传学分析成为可能,改善公共卫生监测.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子流行病学分子流行病学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的流行病学 (WBE) 对全球COVID-19大流行病应对至关重要.
- 在废水中精确,敏感和高通量检测SARS-CoV-2对于有效的WBE至关重要.
- 像RT-qPCR这样的现有方法在灵敏度和遗传学分析方面存在局限性.
研究的目的:
- 引入新的ATOPlex平台,用于在废水中敏感的SARS-CoV-2检测.
- 与RT-qPCR相比,评估ATOPlex平台的性能.
- 评估ATOPlex对废水中SARS-CoV-2的基因分析的有用性.
主要方法:
- 开发和应用ATOPlex平台,一个基于多重复的AMPLCON测序方法.
- 在ATOPlex和RT-qPCR之间的SARS-CoV-2RNA量化极限的比较.
- 在固体和液体废水分数中分析病毒RNA分布.
主要成果:
- 该ATOPlex平台量化SARS-CoV-2RNA的度比RT-qPCR检测极限低10倍.
- 在比RT-qPCR检测极限低4倍的病毒度下,可以实现强大的家族遗传定位.
- 病毒RNA的很大一部分在废水的固体部分中发现.
结论:
- 对于WBE,ATOPlex平台提供了一个高度敏感的,在遗传学上具有信息性的工作流.
- 这种先进的分析方法显著提高了基于废水的传染病监测能力.
- 从固体和液体废水分数中有效地提取病毒RNA对于全面的WBE至关重要.


