一个廉价的半自动样本处理管道用于无细胞RNA提取
Mira N Moufarrej1,2, Stephen R Quake3,4
1Department of Bioengineering, Stanford University, Stanford, CA, USA.
Nature protocols
|August 11, 2023
概括
这项研究介绍了一种低成本的,半自动化的管道,用于使用开源机器人进行无细胞RNA提取. 该方法显著提高吞吐量,减少时间和成本,并最大限度地减少与手工加工相比的浪费.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 高通量RNA测序样本的准备通常受到昂贵的设备的限制,这阻碍了学术研究.
- 手动RNA隔离是耗时的,昂贵的,容易出现错误,限制了可扩展性.
研究的目的:
- 开发一个低成本的,半自动管道用于无细胞RNA提取.
- 为了提高样品吞吐量,减少处理时间和成本,并尽量减少RNA隔离中的生物危险废物.
主要方法:
- 使用廉价的开源机器人系统 (Opentrons OT1.0/OT2.0) 进行半自动RNA提取.
- 该协议涉及RNA提取,DNA消化和RNA清洁/度步骤.
- 使用RT-qPCR与合成尖端输入进行验证的RNA质量.
主要成果:
- 实现了与手工方法相比较的RNA质量.
- 显示样品吞吐量增加了12倍.
- 处理时间减少了11倍,成本减少了3倍,生物危险废物减少了4倍.
- 能够在4.5小时内同时处理96个样本.
结论:
- 半自动化管道为无细胞RNA提取提供了具有成本效益和效率的解决方案,使小实验室能够进行大规模研究.
- 该协议可用于各种核酸提取应用.
- 这种方法显著提高了基因组研究的速度和可行性.


