不同图书馆准备和原生组织的调查尿液和血的脱方法cfDNA甲基组分析
Nicholas Kueng1,2, Daniel Sidler3, Vanessa Banz4
1Department of Clinical Chemistry, Inselspital, Bern University Hospital, University of Bern, 3010 Bern, Switzerland.
Diagnostics (Basel, Switzerland)
|August 12, 2023
概括
单链库准备用于无细胞DNA (cfDNA) 甲基化测序避免了双链方法中发现的偏差,特别是对于尿样. 这提高了原生组织 (TOO) 分析的准确性.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 无细胞DNA (cfDNA) 甲基化测序是确定来源组织 (TOO) 的关键方法.
- 图书馆准备方法可以引入影响cfDNA分析的技术偏差.
- 评估不同的库准备技术对于准确的cfDNA甲基化研究至关重要.
研究的目的:
- 为了比较单链和双链库准备方法用于cfDNA甲基化测序.
- 评估来自血和尿液的cfDNA中的技术偏差,特别是甲基化偏差.
- 用两种不同的方法评估图书馆准备对原生组织 (TOO) 解的影响.
主要方法:
- 从血和尿液中提取的cfDNA的甲基化测序.
- 应用单链和双链图书馆准备技术.
- 分析cfDNA甲基化模式和起源组织 (TOO) 的比例,使用基于CpG的现场和碎片级解卷方法.
主要成果:
- 与血cfDNA相比,尿液cfDNA的双链库准备引入了显著的读取内甲基化偏差和降低了全球甲基化.
- 单链方法在尿液cfDNA中没有表现出这些偏差.
- 基于CpG站点的解卷显示,双链方法增加了未确定TOO比例,而碎片级解卷显示了方法之间的TOO比例的显著差异.
结论:
- 双链图书馆制备对cfDNA甲基化分析有局限性,特别是对于尿样,因为甲基化偏差很大.
- 单链式图书馆准备方法提供了更可靠的方法,克服了与尿路cfDNA双链式方法相关的偏见.
- 图书馆准备方法的选择对cfDNA甲基化研究中原组织 (TOO) 确定的准确性产生了重大影响.
