对细胞外囊泡隔离方法进行miRNA测序的比较
Meritxell Llorens-Revull1,2,3, Brenda Martínez-González4,5, Josep Quer1,2,3
1Liver Diseases-Viral Hepatitis, Liver Unit, Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), Vall d'Hebron Barcelona Hospital Campus, Passeig Vall d'Hebron 119-129, 08035 Barcelona, Spain.
International journal of molecular sciences
|August 12, 2023
概括
本研究确定了隔离细胞外囊泡 (EVs) 和准备其microRNA (miRNA) 库用于临床诊断的最佳方法. 将梯度 (GRAD) EV隔离与NEBNext库套件相结合,可确保可靠的miRNA血测序.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 携带微RNA (miRNA) 的细胞外囊泡 (EV) 显示出作为生物标记物的前景.
- 目前用于EV隔离和miRNA测序的方法缺乏标准化,导致结果不一致.
- 对于EV衍生的miRNA分析的临床应用,需要可靠的方法.
研究的目的:
- 确定一种可复制和临床适用的方法来隔离EV和从人体血中测序miRNA.
- 为了比较不同的EV隔离技术 (SEC,GRAD,SEC+GRAD).
- 通过NextSeq 500测序评估各种miRNA库准备套件 (NEBNext,NEXTFlex,SMARTer) 进行测序.
主要方法:
- 对三种EV隔离方法进行比较分析:大小排除色谱 (SEC),基醇梯度 (GRAD) 和SEC+GRAD.
- 评估了三个miRNA库准备套件:NEBNext,NEXTFlex和SMARTer的smRNA-seq.
- 使用Illumina NextSeq 500平台对miRNA库进行测序.
主要成果:
- SEC的EV回收和可重复性最高,而GRAD和SEC+GRAD提供了更纯的EV制剂.
- 该NEBNext库准备协议在miRNA恢复和多样性方面表现出卓越的可重复性.
- GRAD EV隔离与NEBNext库准备相结合,对于血miRNA分析证明是有效的.
结论:
- 渐变 (GRAD) 隔离提供了更纯的细胞外囊泡 (EV),适合临床应用.
- 建议使用NEBNext库准备套件来进行可复制和多样化的微RNA (miRNA) 恢复.
- GRAD EV隔离和NEBNext库准备的结合是临床miRNA生物标志物研究的可靠方法.
