从美国分离出来的沙门氏菌的遗传多样性的特征 使用全基因组测序的原始内皮豆

科学领域:

• 食品微生物学 食品微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 食品安全 食品安全

背景情况:

• 食品中的沙门氏菌污染对公众健康构成重大风险.
• 核桃是沙门氏菌传播的潜在载体.
• 了解沙门氏菌在 pistachio 环境中的遗传多样性和持久性对于风险评估至关重要.

研究的目的:

• 为了确定从加利福尼亚梨中分离的沙门氏菌的遗传多样性.
• 调查沙门氏菌株在雪松存环境中的持久性.
• 为了比较与花生相关的沙门氏菌株与其他商品中发现的沙门氏菌株.

主要方法:

• 测序了169种来自 pistachios 的沙门氏菌分离物的全基因组.
• 使用CFSAN SNP管道分析序列数据.
• 通过血清和遗传亲属关系对群集分离物进行基因分析.

主要成果:

• 沙门氏菌分离物属于Agona,Enteritidis,蒙特维多,Sandiego,Senftenberg,利物浦,田纳西州和沃辛顿的血清病毒.
• 在血清病毒中,分离物被分组成不同的集群,确定了11个独特的菌株.
• pistachio 相关的沙门氏菌株与其他 pistachio 相关的菌株有遗传关系,但与杏仁相关的菌株没有典型关系.
• 基因组证据表明,特定的沙门氏菌菌株 (阿戈纳,利物浦A集群,蒙特维多A和B集群,森芬贝格,沃廷顿) 在雪松环境中持续存在至少三年.

结论:

• 特定的沙门氏菌血清和菌株在加利福尼亚雪松存环境中表现出持久性.
• 一些沙门氏菌菌株似乎只与 pistachios 有关.
• 基因组监测为农业商品中食品传播病原体的长期存在提供了宝贵的见解.