酵母早期的全基因组测序是否促进了基因功能发现?

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 细菌菌 (酵母菌) 是第一个具有完全测序基因组的真核生物,1996年.
• 对酵母编码的生物分子机制的全面理解仍然不完整.
• 这项研究量化了S. cerevisiae基因功能的完整目录的进展.

研究的目的:

• 量化S. cerevisiae基因功能的完整列表的目标已经达到的程度.
• 分析科学文献在酵母基因的分布.
• 评估基因功能发现的趋势随着时间的推移.

主要方法:

• 将提到S. cerevisiae蛋白质编码基因的科学文献映射到酵母基因组.
• 使用基因名称发生率与出版物中的基因名称总数的比率来量化文献相关性.
• 定义了全出版物等价值 (FPE),以标准化每个基因的文献贡献.

主要成果:

• 大约有230个"精英"基因 (≥75个FPE) 占所有文献的45%.
• 三分之二的酵母基因 (<10个FPE) 仅在12%的文献中得到描述.
• 大约600个基因在专门的文章中仍然没有被提及,自20世纪90年代末以来,对未经表征的基因的文献增长变得负面.

结论:

• 早期的酵母基因组测序与未表征基因的基因功能发现的下降相吻合.
• 按照目前的速度,完成酵母基因功能列表可能需要另外50年.
• 少数期刊不成比例地为早期的酵母基因功能发现报告做出了贡献.