乙酸是一种优质的离子配对修饰剂,用于子纳米和单细胞蛋白质组学
Colten D Eberhard1,2, Benjamin C Orsburn1,2
1The Department of Pharmacology and Molecular Sciences.
bioRxiv : the preprint server for biology
|August 14, 2023
概括
在蛋白质组学中使用酸 (AA) 而不是酸可显著增强信号和蛋白质识别,特别是对于单细胞蛋白质组学 (SCP) 和低样本量.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 传统的猎枪蛋白质组学依赖于酸 (FA) 作为离子配对修饰剂.
- 在之前的研究中,酸 (AA) 已经显示出增强信号的潜力.
- 在低输入和单细胞蛋白质组 (SCP) 中AA的有效性需要进一步研究.
研究的目的:
- 评估酸 (AA) 作为子纳米和单细胞蛋白质组 (SCP) 中的离子配对修饰剂的影响.
- 为了比较AA与酸 (FA) 在增强信号和蛋白质覆盖的性能.
- 评估AA在减少分析时间和改善量化方面的有用性.
主要方法:
- 使用 TIMSTOF SCP 系统在不同低度 (低至 20 皮克克拉) 中分析了三维消化标准.
- 酸 (0.5%) 用作离子配对修饰剂,取代了传统的0.1%酸.
- 分析了单个癌细胞,以评估组识别率.
主要成果:
- 酸 (AA) 在所有测试的负载中始终增加了信号和蛋白质覆盖率.
- 一个20皮克克拉的消化剂显示,在30分钟内,AA的确定的蛋白质组增加了1.8倍 (超过2000个).
- 通过AA可以缩短梯度时间,将扫描数量增加1.7倍,并提高量化精度 (%CVs).
- 单个癌细胞分析使用AA.平均产生了13%的更多已识别的类组.
结论:
- 与酸 (FA) 相比,酸 (AA) 是低输入和单细胞蛋白质组 (SCP) 的优越离子配对修饰剂.
- 使用AA可以提高蛋白质组覆盖率和识别灵敏度,特别是在较少的样本量时.
- 在复杂的蛋白质组工作流程中,AA促进了更快的分析和更强大的量化.
