一种高效的提取方法,允许从病毒传输介质中收集的样本中对宿主DNA进行遗传评估,以诊断病毒感染
Renan C Sbruzzi1,2, Mariléa F Feira1,2, Nathan A Cadore1,2
1Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
Biopreservation and biobanking
|August 14, 2023
概括
一种内部DNA提取方法可以从病毒传输介质 (VTM) 样本中获得高质量的基因组DNA. 这种具有成本效益的方法适用于生物银行和从COVID-19诊断样本的宿主遗传研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 这是生物银行.
背景情况:
- 在COVID-19大流行期间在病毒传输介质 (VTM) 中收集的鼻分泌物样本主要用于病毒检测.
- 这些VTM样本还含有有价值的宿主基因组材料,适合生物银行和遗传研究.
研究的目的:
- 开发和介绍一种简单的,内部的DNA提取协议,用于从VTM样本中获得高产量,高质量的基因组DNA.
- 为了评估这种内部方法的效率,与用于宿主遗传分析的两个商业DNA提取套件进行比较.
主要方法:
- 开发了一种内部DNA提取协议,并使用13个VTM样本与两个商业套件 (PureLink®和QIAamp®) 进行比较.
- 公司内部的方法进一步应用于452个VTM样本.
- 通过Qubit和光谱测量来评估DNA的数量和质量.
- 下游应用的适用性通过PCR放大,测序和实时PCR基歧视进行了测试.
主要成果:
- 与PureLink®套件 (0.14μg) 相比,内部方法产生了明显更高的DNA中位数度 (0.81μg).
- 在内部方法和QIAamp®套件 (0.47μg) 之间没有观察到产量的显著差异.
- 提取的DNA显示出令人满意的度和纯度,使得PCR放大,测序和等位基因差异化成功.
结论:
- 公司内部开发的DNA提取方法是从VTM样本中获得基因组DNA用于生物银行的一种合适且具有成本效益的选择.
- 这种方法可以使用最初收集的样本来诊断COVID-19等传染病的宿主遗传研究.


