鼠标视网膜的空间组织在单细胞分辨率由MERFISH
Jongsu Choi1, Jin Li2, Salma Ferdous2
1Department of Biochemistry and Molecular Biology, Baylor College of Medicine, Houston, TX, 77030, USA.
Nature communications
|August 15, 2023
概括
这项研究在3D空间上绘制了小鼠视网膜神经元图,揭示了8种新的亚马克林细胞类型以及细胞位置如何影响视觉处理的基因表达.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 鼠标视网膜包含120多个神经元亚型,这些亚型对视觉信号处理至关重要.
- 了解这些神经元亚型的空间组织是必不可少的,但很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 为了创建一个全面的单细胞空间地图表的小鼠视网膜.
- 将视网膜细胞亚型的分子分类与它们的精确空间布局联系起来.
- 为了研究视网膜神经元中取决于位置的基因表达.
主要方法:
- 利用多重错误强大的光在现场杂交 (MERFISH) 来对39万多个细胞进行分析.
- 集成的MERFISH数据与参考单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据用于细胞类型识别.
- 分析了已识别的视网膜细胞亚型的空间分布和基因表达模式.
主要成果:
- 产生了老鼠视网膜的高分辨率空间地图,包括主要细胞类型和亚型.
- 确定了8种新型的移位亚马克林细胞亚型.
- 建立了分子亚型和它们在视网膜内的空间位置之间的明确联系.
- 在神经元亚型中发现了空间依赖的差异性基因表达.
结论:
- 视网膜神经元的空间组织具有高度特异性,并与分子身份相关.
- 确定了新的亚型和空间关系,为理解视网膜电路提供了一个新的框架.
- 空间调节的基因表达表明基于其位置的神经元亚型的功能调整.
