综合性基因组分析识别了儿童白血病和固体瘤中的LncRNA调节网络

科学领域:

• 基因组学和转录基因组学
• 癌症生物学 癌症生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 长非编码RNAs (lncRNAs) 在基因调节和癌症发展中至关重要.
• 对lncRNAs的泛癌研究存在于成人癌症中,但儿科癌症的情况基本上是未知的.
• 了解IncRNA在儿科癌症中的作用对于推进治疗至关重要.

研究的目的:

• 在儿科癌症中全面描述 lncRNA 格局.
• 为了确定参与基因调节和各种儿童癌症类型的瘤发生的lncRNAs.
• 为功能验证和治疗向优先考虑lncRNAs.

主要方法:

• 来自1,044个儿科瘤 (白血病和固体瘤) 的精选RNA测序数据.
• 在细胞系模型中整合全基因组测序和表观遗传数据.
• 应用了多维框架来识别和优先考虑失调的lncRNA及其监管网络.

主要成果:

• 在六种儿科癌症中确定了2657种强烈表达的lncRNAs,其中1142种表现出基因型升高的表达.
• 基因复制数的变化对lncRNA失调有显著的贡献.
• 失调的lncRNA与癌症的关键特征有关,例如扩散和DNA损伤.
• 优先考虑TBX2-AS1作为神经母细胞瘤特异性lncRNA,其沉默抑制了瘤细胞的生长.

结论:

• 提供了对儿科癌症中lncRNA表达,调节和功能的全面描述.
• 突出了lncRNAs在儿科瘤发生中的作用,并确定了潜在的治疗点.
• 建立了未来机理学研究和儿童癌症中 lncRNAs 的临床研究的基础.