在染色体层面的基因组组合的caenogastropod牛Rapana venosa
Hao Song1,2,3, Zhuoqing Li1,3, Meijie Yang1,2,3
1CAS Key Laboratory of Marine Ecology and Environmental Sciences, Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao, 266071, China.
Scientific data
|August 16, 2023
概括
研究人员对入侵性海洋牛Rapana venosa的基因组进行了测序,创建了一个染色体级别的组件. 这种基因组资源有助于理解它的进化和控制其传播.
科学领域:
- 海洋生物学 海洋生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 侵入性物种研究 侵入性物种研究
背景情况:
- 肉食胃类 Rapana venosa 是一个重要的全球海洋入侵者.
- 了解入侵物种的遗传构成对于有效的控制策略至关重要.
研究的目的:
- 为了生成第一个高质量的,染色体尺度的基因组,用于Rapana venosa.
- 为研究软体动物进化和侵入性生物学提供基因组资源.
主要方法:
- 这是PacBio测序.
- 在Illumina的配对末端测序中,Illumina配对末端测序
- 高通量染色体形状捕获 (Hi-C) 架构
主要成果:
- 一个2.30Gb的染色体规模的基因组组装Rapana venosa.
- 组件固定在35个染色体上,具有64.63 Mb的N50支架.
- 鉴定了29649个编码蛋白质的基因,其中77.22%的功能注释.
结论:
- 拉帕纳·维诺萨 (Rapana venosa) 基因组组合是报告中最复杂的基因组合之一,因为它具有很高的异构性 (1.41%) 和重复性 (57.72%).
- 这种染色体水平的基因组为理解适应和为这种物种开发生物入侵控制措施提供了基础.
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