全基因组双硫酸盐测序和转录组测序在VHL疾病相关的ccRCC中的初步研究
Lei Li1,2,3,4, Hainan Bao5,6, Yawei Xu1,2,3,4
1Department of Urology, Peking University First Hospital, Beijing, 100034, China.
Molecular diagnosis & therapy
|August 16, 2023
概括
患有清细胞细胞癌 (ccRCC) 的Von Hippel-Lindau (VHL) 疾病患者表现出明显的多核变化. 这项研究确定了新的甲基化和基因表达改变,为VHL相关的ccRCC诊断和治疗提供了潜在的标.
科学领域:
- 基因组学和瘤学
- 分子生物学分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- ·希佩尔-林道氏病 (VHL) 是一种遗传性癌症综合征,其中清细胞细胞癌 (ccRCC) 是最常见的恶性瘤.
- 尽管治疗进展,癌仍然是VHL疾病患者死亡的主要原因,需要新的诊断和治疗目标.
- 了解VHL相关的ccRCC的分子基础对于改善患者的治疗结果至关重要.
研究的目的:
- 在VHL疾病相关的ccRCC中全面绘制多原子变化 (拷贝数变化,DNA甲基化,mRNA水平).
- 为了确定新的候选基因和途径失调在VHL相关的ccRCC.
- 将VHL相关ccRCC的分子格局与零星ccRCC进行比较,以发现疾病特异性特征.
主要方法:
- 全基因组双硫酸盐测序 (WGBS) 和RNA测序 (RNA-seq) 在来自25名VHL疾病患者的瘤和正常组织对上进行.
- 进行拷贝数变异分析以确定基因组变化.
- 从VHL疾病相关的ccRCC转录组数据与TCGA数据库中的零星ccRCC数据进行了比较.
主要成果:
- 与VHL疾病相关的ccRCC瘤组织与正常组织相比,呈现出明显较低的全球甲基化水平.
- 常见的副本数变化包括瘤组织中的3p损失和5q/7q增长.
- 整合WGBS和RNA-seq数据显示了124个高甲基化/低调和245个低甲基化/高调基因,与零星的ccRCC相比,有明显的途径丰富.
结论:
- 这项研究提供了与VHL疾病相关的ccRCC的详细多原子概况,包括拷贝数,甲基化和mRNA表达变化.
- 鉴定的分子变化为进一步的机理学研究和生物标志物的发现提供了基础.
- 这些发现突出了与VHL疾病相关的ccRCC的潜在治疗目标,为改善临床管理铺平了道路.
