在多个测序平台和Enterobacterales临床分离物的测试中比较抗微生物耐药性基因和表型

科学领域:

• 基因组学和微生物学
• 传染性疾病 传染性疾病
• 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性

背景情况:

• 全基因组测序 (WGS) 对于识别细菌病原体中的抗菌素耐药性 (AMR) 基因至关重要.
• 之前的研究表明,使用短读测序的基因型数据预测耐卡巴耐药肠道细菌 (CRE) 耐卡巴耐药性的准确度可变.
• 长期读取的测序平台,如牛津纳米孔技术 (ONT) 的实用性,用于改善CRE中的AMR基因检测,仍需得到充分阐明.

研究的目的:

• 评估ONT长读WGS是否与短读WGS相比,在临床CRE样本中增强了对卡巴胺AMR基因的检测.
• 为了比较不同WGS组装方法 (ONT-only,混合,短读) 的准确性,用于AMR基因识别.
• 评估基因型AMR基因检测和各种抗生素的表型耐药性概况之间的一致性.

主要方法:

• 使用MicroScan和ETEST对六种抗生素进行了表型抗菌敏感性测试 (AST),其中包括两种卡巴.
• 短读 (Illumina NextSeq) 和长读 (ONT MinION) WGS数据来自九个临床CRE隔离物.
• 四种组装方法进行了比较:ONT-only,ONT-only与短读抛光,混合组装与抛光,短读只组装.

主要成果:

• 混合组装产生了最高质量的基因组组 (基因完整性,结合循环化).
• 与短读方法相比,仅使用ONT方法对AMR基因和等离子体检测的影响很小,尽管基因拷贝数量有所不同.
• 对AMR基因的基因型检测显示,与非碳烯胺表型的一致性为100%,但对于碳烯胺耐药性的敏感性仅为22%至50%,无论测序平台或组装方法如何.

结论:

• 观察到CRE AMR基因型和卡巴因的表型之间缺乏完全对应,这是一个重大问题.
• 这种基因型-表型差异独立于测序平台 (短读与长读) 或采用的组装策略.
• 需要进一步的研究,以了解导致仅基于WGS数据预测碳烯耐药性的局限性的因素.