单分子向可访问性和甲基化测序的中间体,端粒和rDNAs在Arabidopsis
Weipeng Mo1, Yi Shu1, Bo Liu1
1Institute of Plant and Food Science, Department of Biology, School of Life Sciences, Southern University of Science and Technology, Shenzhen, China.
Nature plants
|August 20, 2023
概括
单分子向可访问性和甲基化测序 (STAM-seq) 揭示了植物高度重复的区域中的染色质动态. DNA甲基化损失增加了可访问性,突出了它在维护异染色素中的作用.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 短读测序限制了高度重复性区域 (HRR) 的表征.
- 长读测序和染色体可访问性标签是最近的策略.
- 研究HRR对于理解基因组稳定性和功能至关重要.
研究的目的:
- 开发和应用单分子向可访问性和甲基化测序 (STAM-seq) 用于植物中HRR分析.
- 调查野生类型和突变类型的阿拉比多普西斯的染色质可访问性和DNA甲基化模式.
- 探索HRR中DNA甲基化和染色质可访问性之间的关系.
主要方法:
- 通过整合长读序列,酶标记和纳米孔适应性采样,开发了STAM-seq.
- 应用于STAM-seq野生类型的阿拉比多普西斯和DNA甲基化突变 (CG和非CG).
- 分析了染色质可访问性和DNA甲基化在中间体,端粒和核糖体DNA.
主要成果:
- CEN180重复表现出更高的可访问性和较低的甲基化在前链.
- 单个核糖体DNA单元显示了DNA甲基化和可访问性之间的负相关性.
- 与子端粒相比,端粒具有较低的可访问性和CHH甲基化.
- DNA甲基化突变体在HRRs显示染色质可访问性增加.
结论:
- STAM-seq对于研究植物中重复序列的可访问性和甲基化是有效的.
- 基因甲基化在植物HRR中保持异色状况方面发挥着关键作用.
- 这些发现提供了关于植物中中间体,端粒和rDNA的调节的见解.
