多重检测使得在临床和废水样本中同时检测和识别SARS-CoV-2变种的关注
Yanming Liu1, Teresa Kumblathan1, Michael A Joyce2
1Division of Analytical and Environmental Toxicology, Department of Laboratory Medicine and Pathology, Faculty of Medicine and Dentistry, University of Alberta, Edmonton, Alberta T6G 2G3, Canada.
ACS measurement science au
|August 21, 2023
概括
新的多重测试能够快速,同时检测多个SARS-CoV-2变种,包括Alpha,Beta,Gamma,Delta和Omicron亚型. 这些高度敏感和特定的测试对于有效的COVID-19监测和公共卫生反应至关重要.
科学领域:
- 病毒学和分子诊断 病毒学和分子诊断
- 公共卫生监督 公共卫生监督
- 基因组流行病学 基因组流行病学
背景情况:
- 随着SARS-CoV-2变种的演变,需要适应性监测策略.
- 现有的查方法需要修改,以满足不断变化的公共卫生目标.
- 多重复合测试为实验室实施提供了更高的效率.
研究的目的:
- 开发可适应的变种查试验,以便及时检测新的SARS-CoV-2标.
- 为了使目标的多重化能够实现高效的实验室监控.
- 同时检测和区分多个令人担忧的COVID-19变种.
主要方法:
- 开发针对性选试验,专注于特定突变 (例如,HV69/70删除,K417N/T,T478K,P681R).
- 创建多重测试,用于同时检测Alpha,Beta,Gamma,Delta和Omicron子变种 (BA.1,BA.2,BA.3,BA.4,BA.5). 这种测试可以通过多重测试进行.
- 使用临床和废水样本进行验证,评估检测极限,临床敏感性和特异性.
主要成果:
- 同时检测Alpha,Beta,Gamma和Omicron在一个测试中实现.
- 通过准关键突变,能够特异检测Delta和Omicron亚型BA.2的细分变异.
- 检测表明高灵敏度 (4-16个副本/反应) 和100%的临床灵敏度和特异性.
- 在100个临床样本中检测到德尔塔病毒,在79个临床样本中检测到奥米克朗BA.1.
- 在废水样本中检测到Alpha,Beta和Gamma变体,与临床数据一致.
结论:
- 开发的多重检测对及时有效地监测多个SARS-CoV-2变种是有效的.
- 这些测试提供了一个强大的工具,用于监测临床和环境样本中令人担忧的变异的传播.
- 可适应的设计允许快速整合新目标,支持针对COVID-19的持续公共卫生工作.
