更好的呼叫:更好的呼叫Salmonella血清型从丰富培养使用枪头metagenomic概况及其在疫情设置中的应用
Kranti Konganti1, Elizabeth Reed1, Mark Mammel1
1Center for Food Safety and Applied Nutrition, U.S. Food and Drug Administration, College Park, MD, United States.
Frontiers in microbiology
|August 21, 2023
概括
一个新的生物信息学工具,bettercallsal,从元基因组数据准确识别多个沙门氏菌血清,改善了没有传统培养的疫情调查. 这一进步有助于快速监测和分析食物传播疾病的根本原因.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 目前的沙门氏菌亚型很大程度上依赖于孤立殖民地的全基因组测序 (WGS).
- 从复杂样本同时分析多个沙门氏菌血清病毒仍然是一个挑战.
研究的目的:
- 引入一种新的生物信息学工作流程,用于元基因组分析,同时识别多个沙门氏菌血清病毒.
- 在不同的数据集中评估bettercallsal工具的准确性和性能.
主要方法:
- 在模拟 (in silico) 和来自食品爆发调查的真实世界元基因组数据集 (木瓜,桃子) 上开发和测试了bettercallsal工具.
- 与k-mer分析,SeqSero2和Kallisto进行比较,比较了bettercallsal的性能.
- 利用传统培养,WGS和核酸测试进行验证.
主要成果:
- 在in silico数据集上,Bettercallsal实现了高精度 (94%),精度为100%,回忆率为83%.
- 在番茄和桃子疫情样本中鉴定了多种沙门氏菌血清,与Luminex xMAP测定和WGS的结果保持一致,有时甚至超过.
- 在从丰富培养物中识别多个血清细胞中表现优于k-mer,SeqSero2和Kallisto.
结论:
- 贝特卡尔萨尔提供了一个准确的,独立于隔离的方法,可以直接从元基因组数据中识别多个沙门氏菌血清病毒.
- 这种工具可以显著提高公共卫生监测和沙门氏菌爆发的根源原因调查.
- 像bettercallsal这样的元基因组方法比传统的亚型化方法具有强大的进步.
