强大的基于二甲基的复合DIA通过参考通道将单细胞蛋白质组深度翻一番
Marvin Thielert1, Ericka Cm Itang1, Constantin Ammar1
1Department of Proteomics and Signal Transduction, Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany.
Molecular systems biology
|August 21, 2023
概括
这项研究引入了用于增强单细胞蛋白质组的多重数据独立获取 (mDIA),使得更深入的蛋白质量化和更高的吞吐量用于精确瘤学应用.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 一个单细胞分析.
背景情况:
- 单细胞蛋白质组学对于理解生物异质性至关重要,但在深度,吞吐量和强度方面面临限制.
- 现有的方法很难从单个细胞提供全面的蛋白质水平见解.
研究的目的:
- 为增强单细胞蛋白质组学开发一个简化,多重化的工作流.
- 为了提高单细胞蛋白质分析中的蛋白质深度,吞吐量和稳定性.
- 应用新的工作流来识别瘤微环境中的蛋白质特征,用于精确瘤学.
主要方法:
- 开发一个精简的多重化数据独立采集 (mDIA) 工作流程.
- 批量或单细胞样品的自动化二甲基标签.
- -N消化使MS1和MS2级别的五复数量化成为可能.
- 使用参考通道与RefQuant算法进行增强量化.
- 整合mDIA与空间蛋白质组学,以提高吞吐量.
主要成果:
- mDIA 工作流程实现了自动化,完整的二甲基标签,而不会损失蛋白质深度.
- 在MS1和MS2两级均可实现五复数量化.
- 与以前的方法相比,RefQuant算法可以自信地量化每单细胞的蛋白质数量是以前的两倍.
- 工作流支持每天对80个单个细胞进行例行分析.
- 结合mDIA和空间蛋白质组学,深度视觉蛋白质组学的吞吐量增加了microdissection的7倍和MS分析的4倍.
结论:
- 开发的mDIA工作流显著提高了单细胞分析的蛋白质组深度和吞吐量.
- 这一进步使得每个细胞可以有更多的蛋白质的自信量化,从而改善了生物学洞察力.
- 对黑色素瘤的应用揭示了瘤微环境中的蛋白质特征,突出了精密瘤学的潜力.
