根据生物信息学分析,确定与氧化压力相关的基因 (OSRG) 作为治疗牙周炎的潜在目标
Wei Zhou1, Pengfei Zhang1, Hao Li1
1Department of Endodontics, Shanghai Ninth People's Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, College of Stomatology, Shanghai Jiao Tong University, District, Shanghai, 200011, China.
Combinatorial chemistry & high throughput screening
|August 22, 2023
概括
这项研究确定了与牙周炎 (PD) 进展相关的关键氧化压力相关基因 (OSRGs). 像ITGAM,FCGR3A和PECAM1这样的基因表达高,可能对PD发展和潜在的治疗点至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 牙周炎 (PD) 是一种复杂的炎症性疾病,与特定的细菌和显著的氧化应激 (OS) 有关.
- 了解OS相关基因的作用对于确定PD治疗点至关重要.
- 这项研究侧重于与PD病变发生过程中的OS相关的新型枢纽基因.
研究的目的:
- 为了确定与牙周炎 (PD) 发展相关的与氧化压力相关的基因 (OSRGs).
- 用生物信息学工具分析已识别的基因的功能和通路.
- 为了验证PD小鼠模型中关键基因的表达.
主要方法:
- 使用GEO数据和"limma"包的差异基因表达分析.
- 使用基因卡和Venn图识别OSRG和差异表达的OSRG (DEOSRG).
- 功能丰富分析 (GO,KEGG) 和蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 网络构建.
- 通过接收器运行特征 (ROC) 曲线进行预测基因鉴定,并使用RT-qPCR和鼠标模型中的西部斑进行验证.
主要成果:
- 通过PPI分析确定了273个OSRG,其中20个被认为是枢纽基因.
- 枢纽基因在白细胞迁移,淋巴细胞增殖和NF-κB信号传递等途径中得到丰富.
- VCAM1,ITGAM,FCGR3A,IL1A和PECAM1被确定为PD的预后基因.
- 在小鼠牙周炎模型中,ITGAM,FCGR3A和PECAM1的表达显著升高.
结论:
- ITGAM,FCGR3A和PECAM1被确定为牙周炎进展的关键基因.
- 这些基因代表了PD的潜在诊断和治疗点.
- 这项研究强调了OS相关基因在PD病变发生过程中的作用.
