在腺囊性癌症中新生物标志物的鉴定和功能分析
Jiang Su1, Wei Zhou2, Huajie Yuan3
1Department of Otolaryngology-Head and Neck Surgery, The First Affiliated Hospital of Xin Jiang Medical University, Urumqi, China. coln_xu@163.com.
Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
|August 22, 2023
概括
这项研究确定了三种关键基因 (GABBR1,ITGA9,MLKL) 参与腺囊性癌 (ACC) 进展. 这些基因与免疫细胞相关,可以作为ACC的新型诊断生物标志物.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 腺状囊性癌 (ACC) 是一种罕见的恶性瘤,对其分子驱动因素的理解有限.
- 识别关键基因对于开发诊断生物标志物和改善患者预后至关重要.
研究的目的:
- 确定与ACC发育和进展相关的关键基因.
- 探索潜在的新生物标志物用于ACC诊断和预后.
主要方法:
- 来自GEO数据集 (GSE59701,GSE88804) 的转录数据被整合并进行批次校正.
- 通过使用limma识别差异表达基因 (DEG),然后通过Metascape进行丰富分析 (GO,KEGG).
- 使用拉索回归和SVM选关键基因,使用STRING构建PPI网络并在Cytoscape中可视化.
- 基因组丰富分析 (GSEA) 和CIBERSORT用于途径和免疫细胞透分析.
主要成果:
- 鉴定了711个DEG,它们在包括激酶活性,细胞外基质和PI3K-Akt信号传递在内的途径中得到丰富.
- GABBR1,ITGA9和MLKL被确定为影响ACC进展的关键基因.
- 这些关键基因与差异表达的免疫细胞有很强的相关性,与MYB和TP53.3有关.
结论:
- GABBR1,ITGA9和MLKL在ACC进展中具有重要意义.
- GABBR1和MLKL可以通过MYB和TP53路径对ACC产生影响.
- ITGA9与ECM和PI3K-Akt信号的相互作用需要进一步调查其在ACC发展中的作用.
